Кокцидиоз легче профилактировать, чем лечить. Соблюдение общепринятых ветеринарных мер по кормлению и содержанию кроликов – главные составные части профилактики кокцидиоза.
Дезинфекцию кроличьих клеток нужно проводить дважды в год, особенно в сырое время года (осень и весна). Существует несколько способов дезинфекции крольчатника.